Tê giác Java là loài động vật sống đơn độc, ngoại trừ những cặp giao phối và mẹ cùng con non. Thỉnh thoảng chúng sẽ tập hợp thành những nhóm nhỏ ở các bãi liếm đất mặn và bãi bùn. Ngâm mình trong bùn là hoạt động thường thấy của tất cả các loài tê giác, việc này cho phép chúng duy trì nhiệt độ cơ thể luôn mát mẻ và giúp chúng chống được bệnh tật và sinh vật ký sinh. Tê giác Java thông thường không tự đào bãi ngâm bùn của riêng chúng, mà thích sử dụng bãi ngâm của những con vật khác hay các hố xuất hiện tự nhiên, được chúng dùng sừng để mở rộng. Những bãi liếm đất mặn cũng rất quan trọng với chúng bởi đây là nơi cung cấp các chất khoáng thiết yếu. Phạm vi chỗ ở của những con đực rộng hơn, khoảng 12–20 km², so với con cái ở khoảng 3–14 km². Sự chồng lấn lẫn nhau về lãnh thổ của những con đực ít hơn những con cái, tuy nhiên người ta vẫn chưa được biết về những cuộc tranh giành lãnh thổ nếu có[29].

Những con đực đánh dấu lãnh địa của chúng bằng phân và nước tiểu. Những vết cào trên mặt đất bằng chân và những cây con bị vặn cũng có thể được sử dụng cho mục đích thông tin. Những loài tê giác khác thường có tập tính đặc biệt: thải những cục phân lớn ra ngoài và sau đó cạo phân bằng chân sau. Loài tê giác Java và Sumatra khi thải phân ra lại không có hành động như vậy. Sự thích nghi trong hành vi này được cho là do sinh thái ở những cánh rừng ẩm ướt tại Java và Sumatra, khiến phương pháp này không đạt hiệu quả cho việc phát tán những mùi hương đánh dấu[29].

Tê giác Java phát tiếng kêu ít hơn nhiều so với tê giác Sumatra, có rất ít tiếng tê giác Java từng được ghi lại. Những con trưởng thành không có kẻ địch nào được biết đến ngoài con người. Loài này, đặc biệt ở Việt Nam, rất nhút nhát và thường trốn chạy vào trong rừng rậm mỗi khi con người tới gần. Dù điều này là đặc điểm rất hữu ích khi đứng trên quan điểm bảo tồn, nhưng nó lại gây khó khăn cho việc nghiên cứu chúng[4]. Tuy nhiên, khi con người tiếp xúc quá gần, chúng có thể trở nên hung dữ và sẽ tấn công; chúng sẽ cắn bằng răng cửa hay hàm dưới và dùng đầu húc mạnh lên phía trên[29]. Hoạt động sống khép kín tương đối phản-xã hội của tê giác Java có thể là sự thích nghi gần đây với các áp lực quần thể; bằng chứng lịch sử đã cho thấy, giống như các loài tê giác khác, trước đây chúng đã từng sống thành bầy đàn nhiều hơn[7].

Chế độ ăn uống

Tê giác Java là một loài động vật ăn cỏ. Chúng ăn nhiều loại thực vật khác nhau, đặc biệt thích ăn các bộ phận của cây như chồi, lá non, cành con và quả chín. Hầu hết các loại cây mà chúng ưa thích đều mọc ở nơi nhiều ánh sáng, các khoảng rừng thưa, cây bụi và các thảm thực vật mà không có cây lớn khác. Chúng thường hạ đổ những cây con rồi lấy thức ăn bằng chiếc môi trên cử động được. Chúng là loài thích nghi nhất cho việc kiếm ăn ở các loài tê giác. Dù hiện nay, tê giác Java hoàn toàn chỉ là loài ăn cành lá trên cây nhưng chúng đã từng ăn cả cỏ lẫn cành lá trong phạm vi phân bố của chúng trước kia. Hàng ngày, một con tê giác Java ăn khoảng 50 kg thức ăn. Giống như tê giác Sumatra, tê giác Java cũng cần muối khoáng trong khẩu phần. Những bãi liếm mặn, thường có trong khu vực phân bố ngày trước của chúng, lại không có ở Ujung Kulon, nhưng các con tê giác ở đây đã được quan sát khi đang uống nước biển, có thể phù hợp cho nhu cầu dinh dưỡng của chúng[22].

Sinh sản

Những tập tính sinh sản của tê giác Java rất khó để nghiên cứu do chúng hiếm khi được quan sát trực tiếp ngoài tự nhiên lẫn việc không có con nào trong các vườn thú. Những con cái bắt đầu thuần thục sau 3-4 tuổi trong khi đó con đực lại thuần thục ở tuổi thứ 6. Thời gian mang thai của chúng ước lượng khoảng 16-19 tháng. Khoảng cách giữa các lần đẻ con là 4-5 năm; tê giác con bắt đầu cai sữa sau khoảng 2 năm. Bốn loài tê giác còn lại đều có hoạt động giao phối giống nhau và người ta suy đoán rằng ở loài tê giác Java cũng tương tự như vậy[29].